COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-16 17:00:00 10.833099 6.290448 7.800945
2020-10-15 17:00:00 8.934262 8.934262 7.714450
2020-10-14 17:00:00 8.369767 8.369767 7.522911
2020-10-13 17:00:00 8.398804 8.398804 7.303442
2020-10-12 17:00:00 7.743634 7.743634 7.022505
2020-10-11 17:00:00 7.940851 7.940851 6.759545
2020-10-10 17:00:00 7.145265 7.145265 6.470189

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-16 17:00:00 8.286778 12.166781 8.455298
2020-10-15 17:00:00 10.712401 8.041237 8.224216
2020-10-14 17:00:00 8.848315 8.848315 7.855481
2020-10-13 17:00:00 8.133705 8.133705 7.583966
2020-10-12 17:00:00 8.546384 8.546384 7.312880
2020-10-11 17:00:00 5.292096 5.292096 6.945870
2020-10-10 17:00:00 7.148289 7.148289 6.602137

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-16 17:00:00 5.107527 1.568100 1.634013
2020-10-15 17:00:00 3.752535 3.752535 1.655585
2020-10-14 17:00:00 0.929752 0.929752 1.661828
2020-10-13 17:00:00 0.666112 0.666112 1.598697
2020-10-12 17:00:00 8.461538 1.139896 1.587618
2020-10-11 17:00:00 1.351351 1.351351 1.578851
2020-10-10 17:00:00 4.322430 1.693925 1.722710

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-16 17:00:00 3.698332 1.758521 2.241190
2020-10-15 17:00:00 1.992846 1.992846 2.198960
2020-10-14 17:00:00 2.464066 2.464066 2.132751
2020-10-13 17:00:00 1.846412 1.846412 2.078467
2020-10-12 17:00:00 4.315961 4.315961 2.014958
2020-10-11 17:00:00 2.063679 2.063679 1.937574
2020-10-10 17:00:00 2.671906 2.671906 1.857373

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-16 17:00:00 11.115029 8.774186 9.150751
2020-10-15 17:00:00 10.156813 9.360702 9.162012
2020-10-14 17:00:00 10.114999 10.114999 9.138313
2020-10-13 17:00:00 8.879877 8.879877 9.163349
2020-10-12 17:00:00 10.792305 10.792305 9.231649
2020-10-11 17:00:00 7.479617 7.479617 9.178072
2020-10-10 17:00:00 8.053366 8.053366 9.112346

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-16 17:00:00 9.324649 6.205005 6.506868
2020-10-15 17:00:00 7.040721 7.040721 6.337081
2020-10-14 17:00:00 4.319572 4.319572 6.226353
2020-10-13 17:00:00 7.611607 7.611607 6.080723
2020-10-12 17:00:00 8.318934 8.318934 6.041778
2020-10-11 17:00:00 8.283003 8.283003 5.891114
2020-10-10 17:00:00 6.981407 6.981407 5.752125

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-16 17:00:00 9.723041 9.723041 7.427241
2020-10-15 17:00:00 6.595538 6.595538 7.207673
2020-10-14 17:00:00 7.407407 7.407407 6.917895
2020-10-13 17:00:00 3.865717 3.865717 6.741490
2020-10-12 17:00:00 5.694981 5.694981 6.584083
2020-10-11 17:00:00 12.125000 12.125000 6.374709
2020-10-10 17:00:00 6.306306 6.306306 6.134418

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-16 17:00:00 4.908923 4.022298 3.461074
2020-10-15 17:00:00 4.837527 3.216874 3.469278
2020-10-14 17:00:00 4.918033 3.541346 3.495387
2020-10-13 17:00:00 4.715368 3.151722 3.489545
2020-10-12 17:00:00 3.105102 3.105102 3.466856
2020-10-11 17:00:00 3.551259 3.551259 3.438779
2020-10-10 17:00:00 3.572758 3.572758 3.397237

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-16 17:00:00 23.722628 23.722628 16.061191
2020-10-15 17:00:00 18.477331 18.477331 15.323908
2020-10-14 17:00:00 17.779961 17.779961 14.759188
2020-10-13 17:00:00 16.635653 7.927056 14.216001
2020-10-12 17:00:00 25.375171 9.951846 13.818072
2020-10-11 17:00:00 23.436551 23.436551 13.339691
2020-10-10 17:00:00 10.884006 10.884006 12.694028

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-16 17:00:00 12.834253 5.889219 8.535216
2020-10-15 17:00:00 10.173245 10.173245 8.374596
2020-10-14 17:00:00 10.026643 10.026643 8.061842
2020-10-13 17:00:00 9.446340 9.446340 7.772900
2020-10-12 17:00:00 7.310924 7.310924 7.389930
2020-10-11 17:00:00 10.371859 10.371859 7.030233
2020-10-10 17:00:00 7.999439 7.999439 6.613215

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-16 17:00:00 9.655751 9.655751 7.515411
2020-10-15 17:00:00 9.648518 9.648518 7.322893
2020-10-14 17:00:00 9.341587 4.783343 7.100613
2020-10-13 17:00:00 9.172260 9.172260 6.860734
2020-10-12 17:00:00 7.889126 7.889126 6.511727
2020-10-11 17:00:00 7.510431 7.510431 6.275867
2020-10-10 17:00:00 6.559878 6.559878 6.005058

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-16 17:00:00 3.954802 3.954802 3.609316
2020-10-15 17:00:00 3.318584 5.825243 3.420385
2020-10-14 17:00:00 5.056180 3.636364 3.198571
2020-10-13 17:00:00 9.333333 2.095238 2.982648
2020-10-12 17:00:00 1.678657 1.678657 2.746005
2020-10-11 17:00:00 5.944798 5.944798 2.611296
2020-10-10 17:00:00 1.941748 1.941748 2.376271

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-16 17:00:00 11.840888 11.840888 11.460673
2020-10-15 17:00:00 10.913140 10.913140 10.946881
2020-10-14 17:00:00 17.366947 17.366947 10.571060
2020-10-13 17:00:00 7.943925 7.943925 10.127678
2020-10-12 17:00:00 8.823529 8.823529 9.780512
2020-10-11 17:00:00 10.606061 10.606061 9.413872
2020-10-10 17:00:00 9.694415 9.694415 8.890431

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-16 17:00:00 18.137255 6.372549 8.412762
2020-10-15 17:00:00 15.816327 15.816327 8.417663
2020-10-14 17:00:00 5.078809 5.078809 8.405061
2020-10-13 17:00:00 9.427609 9.427609 8.390845
2020-10-12 17:00:00 3.125000 8.494624 8.499733
2020-10-11 17:00:00 7.800000 7.800000 8.395527
2020-10-10 17:00:00 8.417508 8.417508 8.449559

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-16 17:00:00 20.732323 12.601010 12.883496
2020-10-15 17:00:00 13.579598 12.601010 12.629537
2020-10-14 17:00:00 25.240263 25.240263 12.312249
2020-10-13 17:00:00 17.390012 17.390012 11.930467
2020-10-12 17:00:00 9.997798 9.997798 11.738773
2020-10-11 17:00:00 8.178364 8.178364 11.190987
2020-10-10 17:00:00 9.834450 9.834450 10.771281

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-16 17:00:00 7.819136 7.819136 6.774798
2020-10-15 17:00:00 7.152797 7.152797 6.780720
2020-10-14 17:00:00 9.090909 9.090909 6.707430
2020-10-13 17:00:00 4.245283 5.214368 6.506833
2020-10-12 17:00:00 8.143154 4.664983 6.397111
2020-10-11 17:00:00 11.355115 6.465386 6.378576
2020-10-10 17:00:00 5.330243 5.330243 6.247697

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-16 17:00:00 6.487805 6.487805 6.956862
2020-10-15 17:00:00 7.808564 5.583543 7.062487
2020-10-14 17:00:00 6.259620 6.259620 7.087053
2020-10-13 17:00:00 7.343312 6.033676 6.949253
2020-10-12 17:00:00 9.772727 9.772727 6.937432
2020-10-11 17:00:00 10.280374 10.280374 6.931809
2020-10-10 17:00:00 9.436834 9.436834 6.767471

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-16 17:00:00 11.123941 6.081601 6.949348
2020-10-15 17:00:00 8.600992 8.600992 6.817018
2020-10-14 17:00:00 8.329540 8.329540 6.692189
2020-10-13 17:00:00 6.416907 6.416907 6.512033
2020-10-12 17:00:00 12.552654 6.688363 6.294678
2020-10-11 17:00:00 10.694995 6.759217 6.107058
2020-10-10 17:00:00 6.088443 6.088443 5.911999

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-16 17:00:00 10.033223 7.076412 7.342365
2020-10-15 17:00:00 7.374032 7.374032 7.231325
2020-10-14 17:00:00 7.765024 7.765024 7.062338
2020-10-13 17:00:00 8.897127 8.897127 6.897510
2020-10-12 17:00:00 7.470343 7.470343 6.758488
2020-10-11 17:00:00 6.357600 6.357600 6.522592
2020-10-10 17:00:00 6.956080 6.956080 6.266808

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-16 17:00:00 13.561644 9.897260 8.181290
2020-10-15 17:00:00 13.377416 7.171923 8.092958
2020-10-14 17:00:00 7.106855 7.106855 7.965842
2020-10-13 17:00:00 9.791217 9.791217 7.757055
2020-10-12 17:00:00 6.687754 6.687754 7.686578
2020-10-11 17:00:00 7.917889 7.917889 7.555777
2020-10-10 17:00:00 10.185185 10.185185 7.324595

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-16 17:00:00 25.233645 25.233645 24.708351
2020-10-15 17:00:00 29.130435 43.225806 23.452370
2020-10-14 17:00:00 27.205882 27.205882 22.131137
2020-10-13 17:00:00 18.232044 18.232044 20.988989
2020-10-12 17:00:00 21.333333 21.333333 19.997847
2020-10-11 17:00:00 10.344828 10.344828 18.764596
2020-10-10 17:00:00 28.205128 28.205128 17.372889

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-16 17:00:00 30.890742 30.890742 11.916485
2020-10-15 17:00:00 8.291874 8.291874 11.460711
2020-10-14 17:00:00 8.025898 8.025898 10.855445
2020-10-13 17:00:00 26.766004 26.766004 10.410206
2020-10-12 17:00:00 13.104275 13.104275 10.118447
2020-10-11 17:00:00 9.945504 9.945504 9.605833
2020-10-10 17:00:00 10.222303 10.222303 8.892611

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 8.286778 12.166781 8.455298
Basilicata 5.107527 1.568100 1.634013
Calabria 3.698332 1.758521 2.241190
Campania 11.115029 8.774186 9.150751
Emilia-Romagna 9.324649 6.205005 6.506868
Friuli Venezia Giulia 9.723041 9.723041 7.427241
Lazio 4.908923 4.022298 3.461074
Liguria 23.722628 23.722628 16.061191
Lombardia 12.834253 5.889219 8.535216
Marche 9.655751 9.655751 7.515411
Molise 3.954802 3.954802 3.609316
P.A. Bolzano 11.840888 11.840888 11.460673
P.A. Trento 18.137255 6.372549 8.412762
Piemonte 20.732323 12.601010 12.883496
Puglia 7.819136 7.819136 6.774798
Sardegna 6.487805 6.487805 6.956862
Sicilia 11.123941 6.081601 6.949348
Toscana 10.033223 7.076412 7.342365
Umbria 13.561644 9.897260 8.181290
Valle d'Aosta 25.233645 25.233645 24.708351
Veneto 30.890742 30.890742 11.916485

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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